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AIM – Artificial Intelligence in Medicine

Responsabile Locale: Daniel Remondini
Responsabile Nazionale: Alessandra Retico (Pi)
Unità di Ricerca: Ba, Bo, Ca, Ct,Fi, Ge, Pi
Durata: 2019-2021

Gruppo locale: D. Remondini, L. Brizi, G. Castellani, N. Curti, E. Giampieri, T. Matteuzzi, A. Merlotti, C. Sala, C. Testa

 

Il gruppo di Bologna include ricercatori con esperienza in analisi di Big-Data biologici, Machine Learning e modellazione matematica di sistemi biologici (Systems Biology, Network Theory, Stochastic Processes). Collaborazioni con diversi centri (IRCCS Reggio Emilia, IRCCS Meldola) sono in corso per studi di radiomica (integrazione di PET, CT e profilazione GEP), così come la partecipazione a vari progetti europei (IMI-2 Harmony, COMPARE, Propag-Ageing, ITN IMforFuture, VEO) per l’analisi e la gestione di dati omici integrati con reti Protein, Transcriptome e Metabolic. Il gruppo collabora direttamente con il CNAF per i compiti di gstione dati e High Performance Computing.

Le attività cui partecipa il gruppo di Bologna includono:

+ Armonizzazione dati omici

Dati NGS (Next Generation Sequencing di DNA e RNA) e dati provenienti da altri centri europei, su cui di testeranno algoritmi di clustering e ricerca di caratteristiche specifiche in funzione di diverse procedure di armonizzazione (normalizzazione per campione o probe)


+ Quantificazione integrata di dati omici e PET

Analisi di dati PET disponibili su database pubblici, o a disposizione della Collaborazione (Ospedale S. Orsola per dati relativi al cancro alla prostata), e loro associazione a caratteristiche cliniche come la risposta ai trattamenti, il grado di aggressività, etc. Quando disponibili, questi dati saranno associati a dati omici (WES, SNP, GEP, metabolomics) per aumentarne la significanza (classificazione dei campioni, regressione con parametri plenottici)


+ Modelli predittivi per la Systems Medicine

Struttando la disponibilità di dati pubblici come per es. ENCODE e TCGA il gruppo proporrà modelli per l’agsregazione dei dati: ridefinizione degli scopi dei medicinali per il cancro ed identificazione di nuovo obiettivi; relazioni tra genomica (sequenziamento DNA), epigenomica (istoni e altri componenti della cromatina) e struttura del DNA cromatinico (dati hi-c e WGBS)